หลังการจัดตั้งรัฐบาลผสม ได้เกิดความขัดแย้งภายในพรรคฟุนซินเปกอย่างหนัก การปรับคณะรัฐมนตรีของกัมพูชาเมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2537 ได้ปลดสม รังสี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังออกจากตำแหน่งและได้มีมติให้สม รังสีพ้นจากสมาชิกภาพ ส.ส. เมื่อ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2538 หลังจากที่เขาถูกบังคับให้พ้นจากสมาชิกภาพของพรรคฟุนซินเปกในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2538 ในเดือนตุลาคม ปีเดียวกัน สม รังสีประกาศจัดตั้งพรรคชาติเขมร แต่ก็ถูกรัฐบาลประกาศให้เป็นพรรคนอกกฎหมายอีก[4] ต่อมา 18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2538 พระนโรดม สิริวุฒิ เลขาธิการพรรคฟุนซินเปกถูกประกาศกักบริเวณเนื่องจากถูกกล่าวหาว่ามีส่วนพัวพันกับการวางแผนลอบสังหารฮุน เซน หลังจากนั้นสมัชชาแห่งชาติกัมพูชามีมติด้วยคะแนน 105 ต่อ 0 ให้ถอนเอกสิทธิ์คุ้มครองพระนโรดม สิริวุฒิในฐานะ ส.ส. ทำให้พระนโรดม สิริวุฒิถูกส่งตัวไปยังเรือนจำ T-3[4] พระนโรดม สิริวุฒิปฏิเสธทุกข้อกล่าวหา ในที่สุดสมเด็จพระนโรดม สีหนุเข้ามาไกล่เกลี่ยให้พระนโรดม สิริวุฒิลี้ภัยไปยังฝรั่งเศส พระนโรดม สิริวุฒิเดินทางออกจากกัมพูชาในวันที่ 21 ธันวาคม ปีเดียวกันนั้น ไปยังสิงคโปร์ ก่อนจะเดินทางต่อไปฝรั่งเศสในวันที่ 23 ธันวาคม[4]

ใน พ.ศ. 2540 เกิดความขัดแย้งระหว่างพระนโรดม รณฤทธิ์กับฮุน เซน ฮุน เซนกล่าวหาว่าพระนโรดม รณฤทธิ์วางแผนจะยึดอำนาจโดยอาศัยความช่วยเหลือจากเขมรแดง จึงสั่งให้ทหารในฝ่ายของตนจับกุมฝ่ายของฟุนซินเปก[5] เหตุการณ์เริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2540 เกิดการปะทะระหว่างทหารที่สนับสนุนฮุน เซนกับพระนโรดม รณฤทธิ์กลางกรุงพนมเปญ ทหารฝ่ายฮุน เซนสามารถยึดครองพื้นที่ได้ 90% ฝ่ายของพระนโรดม รณฤทธิ์ที่มีพลเอกญึก บุญชัยเป็นหัวหน้าได้ล่าถอยมาตั้งมั่นที่โอร์เสม็ดติดแนวชายแดนที่จังหวัดสุรินทร์ โดยมีกองกำลังเขมรแดงส่วนหนึ่งเข้าช่วยเหลือฝ่ายพระนโรดม รณฤทธิ์ คือกลุ่มของเขียว สัมพันและตา มกที่ตั้งมั่นอยู่ที่อันลองเวง อีกกลุ่มหนึ่งเข้าโจมตีฝ่ายรัฐบาลที่บ้านโอตาเตี๊ยะตรงข้ามกับอำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราดนำโดยตา มุต และตา มิต การต่อสู้ระหว่างทั้งสองฝ่ายทำให้กระสุนเข้ามาตกในเขตไทย ทหารไทยเสียชีวิต 1 นาย บาดเจ็บ 3 นาย ชาวกัมพูชาอพยพหนีเข้ามาฝั่งไทยประมาณ 3,000 คน [6]มีการต่อสู้กับฝ่ายของฮุน เซนจนถึงเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2540[7]

หลังรัฐประหาร พระนโรดม รณฤทธิ์ลี้ภัยไปปารีส ผู้นำฟุนซินเปกบางคนถูกบังคับให้ออกนอกประเทศ บางคนถูกยิง พระนโรดม รณฤทธิ์ที่ลี้ภัยไปฝรั่งเศสได้ขอให้นานาชาติรับรองความเป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 1 ของกัมพูชา ส่วนฮุน เซนได้เปิดประชุมสภาให้แต่งตั้งอึง ฮวดเป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 1แทนพระนโรดม รณฤทธิ์เมื่อ 6 สิงหาคม และสภาเห็นชอบ 86 ต่อ 4 งดออกเสียง 6 บัตรเสีย 3[8] แต่พระนโรดม สีหนุไม่ยอมลงพระปรมาภิไธย โดยผลักดันให้เป็นหน้าที่ของเจีย ซิมประธานรัฐสภาและผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ เจีย ซิมจึงเป็นผู้ลงนามแทน[8] อึง ฮวดจึงขึ้นมาเป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 1 แทน ผู้นำพรรคฟุนซินเปกกลับมาสู่กัมพูชาในช่วงเวลาสั้นๆก่อนการเลือกตั้ง พ.ศ. 2541 ในการเลือกตั้งครั้งนี้ พรรคประชาชนกัมพูชาได้ 41% พรรคฟุนซินเปกได้ 32% และพรรคสมรังสีได้ 13% ในที่สุด พรรคประชาชนกัมพูชาได้จัดตั้งรัฐบาลผสมกับพรรคฟุนซินเปก